在栽培灵芝的过程中,会发生杂菌和害虫的为害,影响灵芝的产量和质量,严重时会导致栽培的失败。因此,在生产过程中,要尽量把杂菌和害虫的为害降低到最低程度,采用科学的栽培与管理技术,尽量不用药物防治。应贯彻“预防为主,综合防治”的方针,搞好栽培场所的清洁卫生,采用无霉变、腐烂的原料,培养基灭菌要彻底,严格按无菌操作的要求进行接菌。同时创造有利于灵芝生长发育而不利于病虫害扩大繁殖的生态条件,把病虫害的为害降到最低限度。对于发生了病虫害,则选择高效、低毒、低残留、分解快的农药,对霉菌等病害采取石灰喷撒或通风、排水、铲刮、深埋等措施;对菌蝇等害虫采取人工捕捉等办法。