绿色是大运河的亮丽底色，近年来，扬州市牢固树立大运河保护意识，持续推进大运河（扬州段）重点区域以及河道的生态环境修复，优化大运河航道功能，为大运河保护、传承和利用提供有力的生态保障。
在运河三湾风景区西侧区域，运河三湾的第一道弯附近，剪影桥横跨在碧波荡漾的水面上，构成了一幅精美的画卷，经过整治和保护的运河三湾，也是成为了一条名副其实的生态之河、绿色之河和美丽之河。
运河三湾经过多年的整治和生态修复，已经建成4A级风景区，成为市民和游客观赏运河美景、品味运河文化的好去处。最近出台的《大运河文化保护传承利用规划纲要》明确，运河三湾风景区、高邮湖、仪扬河列入“绿色生态廊道建设工程”。根据《规划纲要》内容，未来，运河三湾风景区的生态环境将得到进一步提升。
运河三湾风景区公园管理部副部长龚宇介绍，包括运河的水质再进一步提升，开辟运河水上游览线，景区管理部门会按照《规划纲要》的要求，把大运河真正地保护好。一位来自河北的“新扬州人”说，运河感觉非常好，虽然他不是本地人，但是在扬州工作，每周都会带孩子过来转转。
除了对运河三湾、“七河八岛”等重点区域进行生态修复，扬州市还对大运河（扬州段）153公里的河道实施严格的治理管护，沿河建设绿色廊道和生态公园，有效涵养和保护大运河水体。过去，大运河宝应氾水段沿岸砂石厂林立，虽然能带来一定的经济效益，但也给运河带来了污染。经过全面治理，大运河沿岸一批砂石厂被关停。宝应县氾水镇村建办主任凌冰介绍，预计今年6月25日之前，将全部拆掉砂石码头，恢复沿岸绿化。
对河道实施严格管护的同时，扬州还不断优化运河的航道功能，提高船只过闸效率，减少船舶污染。以邵伯船闸为例，通过智能调度、日常巡护等措施，邵伯船闸的通行效率大大提升，这里每天船舶过闸量达到90多万吨，位居全国前列。
邵伯船闸管理所所长辜凯介绍，通过电脑对过闸船舶进行排档、排位，比以前人工调度效率提高了20%，他们还注重环保，在引航桥设置了40多个垃圾桶，每周两次安排人进行清扫，有力地保护了运河水环境的清洁。
扬州市还先后出台《扬州古城保护条例》和《大运河（扬州段）世界文化遗产保护办法》，给运河遗产划定“保护圈”，率先打造大运河（扬州段）监测预警平台，架起遗产保护的“千里眼”。专家建议，保护大运河还要加强顶层设计，让运河保护有法可依，同时汇聚各方力量，加快建立全民共建共享大运河的协同保护机制。大运河文化带建设研究院扬州分院副院长刘怀玉介绍，通过立法来强化全民保护大运河的意识，也可以发动和组织各级单位、各级组织，包括居民和学生等，形成全民参与的一种格局，使大运河遗产得到更好地保护。