这个说法谈不到“科学”，而是指人文活动，与科学无关。
“大疫不过三”肯定是假的。
也举过很多例子，最著名的就是汉末百年大疫，《后汉书·五行志》里就有记载，这次大疫从公元119年一直持续到了公元217年。
历史上有详细记载的大疫非常多，全版图性的百年大疫也不止一两次。
所以，“大疫不过三”肯定是假的。
至于“过三必有殃”得先说一下，所谓的“殃”究竟是什么。
一般理解，所谓“殃”是指灾祸云云，这种理解是错误的。
“过三必有殃”的真正意思是指人文活动。这个殃，是指民间的“殃神”信仰，及其对朝廷统治的威胁。
什么叫殃神？
古代百姓在大灾难面前，自保无力，就要祈求神明。
比如说东汉大疫，发展出来什么？黄巾教，即太平道，更正式点说，叫“中黄太乙”，属于典型的殃神信仰。又比如清末云南大疫，发展出来什么？叫“木莲戏”“送蛇盤”，与东北的“查玛舞”非常相似。
因为古代百姓迷信，他们认为，是人类对神的某些忤逆行为招致了病害，所以转而崇信司疫之神。疫情时间一长，这种迷信思想自然而然就滋生了。
中国最有名的殃神，连朝廷都承认的——痘疹娘娘，也叫天花娘娘，就是这样诞生的。
《封神演义》里最后封神的时候，潼关兵马大帅余化龙，就被封为“主痘碧霞元君”，同时封其元配金氏为卫房圣母元君即痘神奶奶，并封其五个儿子余达、余兆、余光、余先、余德为东、西、南、北、中五方主痘正神。
民间供奉殃神是不计其数的，上至痘疹娘娘麻风娘娘，下到狐黄白柳灰五大家，都属于“殃神”，是典型的向“恶”的致敬。
关键在于，这种屈服于殃神的做法很容易被人利用，成为威胁朝廷统治的工具，比如黄巾教最后闹了起义，又比如供奉“血佛”“骨佛”的白莲教，都是会造成严重问题的。
古代朝廷很重视这个问题，把供奉殃神的情况多视为邪教，其祠坛观宇定性为“淫祠”。
所谓“过三必有殃”，指的就是疫情时间一长，民间迷信思想的滋生，对邪恶殃神的信仰露头，以及该种行为对朝廷统治的稳定性的威胁。
所以说，“大疫不过三，过三必有殃”谈不到科学，因为这句话指的是人文现象。在古代，这种情况很普遍。
但是到了今天，科学昌明，民众认知提升，不再那么迷信了，就很难再有这种情况出现。别说过三年，就算过十年，都未见得能滋生出殃神崇信。