11月22日晚间，停牌超过200天后的尔康制药发布自查报告，承认2016年年报虚增净利润2.31亿。受此消息影响，尔康制药复牌后第一天股价即一字板跌停。
据21世纪经济报道称，尔康制药未来走向，依然需要依赖于证监会最终的调查结果，若情况严重亦有可能强制退市。“虽然证监会的调查结果没有出来，但如果最终的情况与尔康制药这次自查结果相差不大，对公司和相关人员来说肯定会受到处罚，但是否会触及强制退市还很难说。”一位证券法律师说。
据大众证券报统计，有37家基金公司旗下公募基金合计持股1.84亿股，占目前尔康制药流通股本的15.86%。除了公募基金持股，在尔康制药前十大流通股东中，中央汇金资产管理公司和一只社保组合也位列其中。其中，博时基金、富国基金等5家基金将其估值直接降至8.35元/股。
复牌后连续两日跌停让持有该股的投资者苦不堪言，希望通过诉讼索赔让公司为造假行为买单。对其2016年报给出了“标准的无保留意见”的审计机构天健会计师事务所是否需要担责？大众证券报报道称，目前尚不清楚监管部门是否会调查时任的审计机构，如果有证据证明时任审计机构未能勤勉尽责的，投资者亦可追究时任审计机构的连带责任。
据金证券报道称，2011年下半年，尔康制药上市时就遭到了舆论的广泛质疑。质疑包括：募投项目过度包装、资本运作绕开规则制约、突击缴纳社保，高管低价入股等情形。不过，这些质疑并未影响尔康制药上市。
2013年尔康制药卷入深夜讨债门。2013年5月6日晚间，知名财经公关公司上海怡桥财经传播有限公司通过其官方微博称：“自今日起，本微博将持续直播怡桥财经向湖南尔康制药追讨近600万欠款经过，自尔康制药2011年上市以来，恶意拖欠财经公关及媒体传播费用近600万，事件涉及尔康制药及西部证券多名高管，大量信息，亮点自寻，敬请期待。” 不过，怡桥财经在2013年5月7日上午删除了这条讨债微博。
2016年，尔康制药再度因涉嫌违规生产引发广泛关注。有媒体报道称，2016年6月24日，国家食药监总局办公厅向湖南省食药监局及全国各省食药监局下发了《关于查处尔康制药违法生产药品的通知》指出，尔康制药存在原料药实际生产工艺与再注册时申报工艺不符、部分工序在未经GMP认证的场地进行、原料药批生产记录中部分工序无法溯源等问题，并要求湖南省食药监局对磺苄西林钠原料药生产、销售及使用情况进行调查。