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以有效市场假说为核心的现代资本市场理论的产生使对金融问题的分析实现了从定性到定量的转变，但该理论是完美假设条件下标准化的理论，不能解释各种市场“异象”，从而使人们对其不断提出质疑，并导致金融理论史上的再次革命与资本市场理论的多极化发展。
现代资本市场理论的产生使关于金融问题的分析实现了从定性到定量的转变，其所涵盖的大量科学分析方法与著名的金融理论，如资产组合理论资本资产定价模型套利定价理论期权定价理论以及作为它们理论基础的有效市场假说等，皆在理论界得到普遍的认同和接受。然而，有效市场假说是完美假设下的标准化了的理论，现实与理论的不符使得金融市场看似充斥着大量的“异象”。这使得人们对有效市场假说不断提出质疑，开始从各种新的假设条件和角度出发更贴近现实地解释种种市场现象，并从中分化出了金融市场微观结构理论行为金融理论以及分形市场理论。
这些新理论在某种程度上更具说服力与实用性，从而逐步赢得了人们的关注与认可。然而，新理论的出现并不意味着原有理论的退出，原有理论是完美条件下标准化的理论，仍是新理论的比照标准。此外，这些新兴理论正处于初步形成或初步发展阶段，还尚不成熟，且各理论基本上处于分割状态，各自分别从某个特定角度来解释资本市场现象。未来的发展趋势将是各理论逐步走向成熟与完善，各理论之间会相互联系与借鉴并逐步走向融合，最终融会贯通成为一个完整的理论体系。
传统金融理论以定性研究为主，现代资本市场理论则侧重于运用数学模型等分析方法进行定量与实证分析，被认为是相对于传统金融理论的一次革命。一般认为现代资本市场理论开始于1952年Markowitz提出的投资组合理论。
现代资本市场理论源于对资本市场的分析。较成体系的资本市场分析开始于20世纪20年代， 自20年代至40年代，资本市场分析基本上由两大派所主宰，即以Graham和Dodd为代表的基本分析派与以Magee为主的技术分析派。到了50年代后，开始出现了第三个群体，即数量分析者。其实，对资本市场的数量分析可追溯至1900年。Louis Bachelier在其《投机理论》(The Theory of Speculation)一文中，最早使用统计方法分析收益率。50年代，数量分析开始占据主导地位。1952年，Markowitz在其《投资组合选择》(Portfolio Selection)一文中提出了均值一方差投资组合理论，在研究方法上创立了衡量效用与风险程度的指标，确定了资产组合的基本原则，即投资者总是追求风险水平一定条件下的收益最大化或收益一定条件下的风险最小化。Markowitz的资产组合理论被认为是现代资本市场理论诞生的标志。
有效市场理论奠定了现代资本市场理论的基石并构成了其核心内容。资产组合理论产生后，在现代资本市场理论中占据核心地位的有效市场理论逐步形成。Kendall(1953)与Roberts(1959)发现股票价格序列类似于随机漫步，他们对这种现象的解释是：在给足所有已知信息后，这些信息一定已经被反映于股价中了，所以股价只对新信息作出上涨或下跌的反应。由于新信息是不可预测的，那么随新信息变动的股价必然是随机且不可预测的。Fama(1970)最终把这些理论形式化为有效市场假说EMH)，并把有效市场分为三种不同类型：一是弱式有效市场，认为股价已反映了全部能从市场交易数据中得到的信息；二是半强有效市场，认为股价已反映了所有公开的信息；三是强有效市场，指股价已反映了全部与公司有关的信息， 包括所有公开信息及内部信息。
资本资产定价模型套利定价模型Black-Scholes期权定价模型是对现代资本市场理论的进一步拓展与完善。Sharpe(1964)，Litner(1965)和Mossin(1966)在有效市场假说与Markowitz资产组合理论的基础上，建立了资本资产定价模型CAPM)。该模型给出了资产的收益、风险以及二者关系的精确描述。CAPM在一系列假设条件下就投资者行为得出如下结论：对于所有投资者，最优的资产组合都是市场资产组合和无风险资产的组合。这种组合的所有可能情况形成一条直线，被称为资本市场线(CML)，即资本市场为投资者在该线上提供了最优的资源配置。1977年Roll对该模型提出疑问，认为该模型的预测结果不可能真正从现实中得到证明。与此同时，Ross(1976)突破性地发展了CAPM，提出套利定价理论(APT)。该理论认为风险资产的收益与多个共同因素之间存在线性关系，从而将单因素CAMP发展为多因素模型。在这些理论的基础上，Black与Scholes于1973年发表了一篇关于期权定价的开创性论文，运用随机微分方程理论推导出期权定价模型。此后，Merton、Cox和Rubinstein等相继对这一理论进行了重要的推广并使之得到广泛应用。至此，现代资本市场理论已发展成熟，具备了一个比较完备的理论框架。
纵观现代资本市场理论的发展与演变，可以看出，奠定其整个理论基础的是有效市场假说。然而，有效市场假说在受到普遍赞同的同时，也一直面临着各种挑战，根本原因在于有效市场假说也是建立在一系列假设条件之上的，而这些假设条件所具有的局限性决定了其脆弱性：首先，有效市场假说的假设前提是市场是一个完全竞争、信息可免费获得以及无摩擦的市场。其次，Fama是在理性预期基础上给出有效性定义的，这就要求投资者必须是理性的。后来，随着有效市场理论的改进，在理性人的假定上出现了三个逐渐放松的假设：
(2)在某种程度上有些投资者并非理性，但由于他们之间的证券交易是随机进行的，其非理性会相互抵消，所以证券价格并不会受到影响；
(3)某些情况下，非理性投资者会犯同样的错误，但他们在市场中会遇到理性的套利者，套利者会消除他们对价格的影响。
根据上述假定，资产今天的价格变化只能由今天新信息的到来所引起，从而今天的收益与昨天的收益将是相互独立的，它们遵循随机游走。当这些相互独立的观测数趋向于无穷时，根据中心极限定理，其概率分布就是正态的。这就是有效市场假说所隐含的独立性假设，它为统计技术应用于资本市场研究奠定了基础，因此成为支持对数正态分布收益率假定的理论依据。
根据Fama(1970)对市场有效性的定义， 由于信息能够被迅速反映于价格中，因此基于某种信息的交易是不能够获得超额收益的。但20世纪80年代以后，很多实证研究发现了有悖于这种有效性的各种市场“异象” (anomalies)。Ball与Brown(1968)发现了与盈余公告有关的价格漂移现象；Basu(1977)发现以市盈率可以预测股票收益；Banz(1981)的研究发现小公司效应的存在，即通过投资于小公司股票可以使投资者获取长期收益的一种现象。除此之外，还普遍存在着一月效应、周末效益和日内模式等令人困惑的市场“异象”。这些“异象” 成为对有效市场假说的有力挑战，它们是有效市场理论所无法解释的。
对一种理论的质疑通常从其假设前提出发。有效市场理论假定市场是无摩擦的，投资者之间信息是完全对称的，这些假设以及由此所隐含的独立性或高斯分布假设自产生以来就不断受到质疑。实证结果与理论的背离越来越引起人们的重视，普遍存在的各种市场“异象” 不断引发人们多角度地进行新的思考和探讨。