在“始终坚持农村土地集体所有权的根本地位”“严格保护农户承包权”的前提之下，“加快放活土地经营权”“赋予经营主体更有保障的土地经营权”，是完善农村基本经营制度的关键。修改后的农村土地承包法，设专节对土地经营权的内容、登记及其流转方式、原则、价款、合同等具体程序和要求，作了明确规定。
为反映“以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制”，原农村土地承包法在维持集体土地公有制的基础上，为承包农户在集体土地所有权上设定土地承包经营权，并明确土地承包经营权为物权，可以排除发包方的干涉。同时，承包地确实负载着不可或缺的生活保障、就业保障等社会保障功能，法律上并没有像一般用益物权那样对土地承包经营权进行赋权。虽然原农村土地承包法亦允许土地承包经营权的流转，但流转方式、条件、程序等均较受限制，所反映的仍然只是小规模的流转关系。就转让、互换等物权性流转而言，基于对农民最终失去土地权利的担心，法律上作了严格的限制;就出租、转包等债权性流转而言，由于经营主体所取得的权利仅仅只是债权，其对承包地的利用往往受到承包农户(流转方)的干涉，甚至毁约收回土地，这就导致经营主体对承包地的利用没有稳定的预期，经营主体也很难以其取得的土地权利担保融资。总之，对经营主体依流转所取得的权利定性不清、内容模糊、效力较弱，直接影响到了适度规模经营的发展。这一“两权分离”的法权结构安排与小农经济相适应，切断了土地与资本等生产要素的联系，制约着农业产业化和规模化经营的发展。
随着工业化和城镇化的推进和农业分工分业的发展，农业劳动力和农业人口的流动日益普遍，各类合作社、农业产业化龙头企业等新型经营主体大量涌现，承包地流转面积不断扩大，呈现“家庭承包，多元经营”的格局。农业生产力发展的变化对完善农村生产关系提出新的要求。在此背景之下，中央提出了农村土地“三权分置”。依循“三权分置”的政策和理论，修改后的农村土地承包法将农业经营主体经营承包地的权利明确表达为“土地经营权”。土地经营权成为农地产权结构中的一种新型权利安排，它不再像原有法律中的土地承包经营权一样具有身份属性，而是一种非人格化的市场主体所拥有的权利，有助于解决承包地抛荒问题、促进适度规模经营、实现抵押融资。修改后的农村土地承包法第37条规定：“土地经营权人有权在合同约定的期限内占有农村土地，自主开展农业生产经营并取得收益。”这里，土地经营权的权利主体是“土地经营权人”，属于一般民事主体，法律上不从资格或身份的角度对土地经营权的取得作出限制;权利的客体是“农村土地”，包括承包农户承包经营的农村土地和集体经济组织未实行家庭承包的“四荒地”等两类;权利内容表述为“自主开展农业生产经营并取得收益”，强调了土地经营权人利用农村土地的方式和用途。
仅在法律上将农业经营主体的权利定名为土地经营权，尚不足以实现“三权分置”的政策目标，其关键更在于构建一种具有相当的稳定性、效力更强、相对独立的土地经营权，以使新型农业经营主体取得稳定的经营预期。修改后的农村土地承包法，在强化土地经营权流转合同的书面形式，强调承包方非有法定事由不得单方解除流转合同之外，主要通过赋予土地经营权以登记能力来达到稳定经营预期的政策目标。修改后的农村土地承包法第41条规定：“土地经营权流转期限为五年以上的，当事人可以向登记机构申请土地经营权登记。未经登记，不得对抗善意第三人。”从目前的经济现实来看，将土地经营权定性为物权化的债权实为妥适选择。一则可以避免定性为物权所带来的对当事人之间法律关系的强行控制，赋予当事人一定的选择自由;二则可以防止单纯定性为债权所带来的经营预期不稳定、土地经营权难以担保融资等问题。当事人可以基于自主意愿创新承包地的流转方式，并可参酌具体情事选择是否办理登记，借由登记使得土地经营权这一债权具有了相对的独立性和稳定性，获得类似于物权的保护，土地经营权人便可借以担保融资。
土地经营权在性质上虽然属于债权，但经由不动产登记簿的记载，便可明晰新型农业经营主体对于农村土地的利用关系，使得土地经营权确定化。第三人通过不动产登记簿，即可查知特定农村土地之上的权利负担，从而做出理性的商业判断。由此可见，经登记的土地经营权不仅在当事人之间发生法律效力，而且还被赋予一定的支配和排他效力，可以对抗第三人。同时，在土地经营权已行登记的前提之下，金融机构接受市场主体提供的土地经营权进行担保融资之时，便可在土地经营权上登记抵押权负担，其抵押权设定即满足了法定的公示要件，土地经营权担保融资才能据以展开。否则，土地经营权未登记，土地经营权抵押权也就无从登记，金融机构就土地经营权的抵押权也就无从取得对抗善意第三人的效力。
修改后的农村土地承包法在总结试点经验的基础上，将土地经营权的内容界定为，在合同约定的期限内占有农村土地，自主开展农业生产经营并取得收益;经承包方同意，受让方可以依法投资改良土壤，建设农业生产附属、配套设施，并按照合同约定对其投资部分获得合理补偿;经承包方书面同意，并向本集体经济组织备案，受让方可以再流转土地经营权;受让方通过流转取得的土地经营权，经承包方书面同意并向发包方备案，可以向金融机构融资担保。
土地经营权的担保融资是新一轮土地制度改革的重要内容，修改后的农村土地承包法虽然反映了这一改革成果，但没有就土地经营权进入融资担保领域时的体系定位作出明确选择，而是使用了“融资担保”的概念，给下一步的实践发展留下了空间。土地经营权作为担保财产进入融资担保领域之时，并不因其在性质上属于债权就当然地归入质押的范畴。权利担保物权在体系定位上有抵押权和质权两种，两者之间的区分以担保物权设定后担保人是否丧失担保物的利用权为实质标准。用益型权利设定担保之后，担保人仍然行使该权利，该担保物权即为抵押权;在非用益型权利设定担保之后，担保人已不得行使该权利，该担保物权应属质权。土地经营权是就他人土地的利用权，属于用益型权利，其上设定担保物权之后，土地经营权人仍然行使土地经营权。如此，土地经营权之上设定的担保物权应属抵押权。《国务院关于开展农村承包土地的经营权和农民住房财产权抵押贷款试点的指导意见》以及中国人民银行等联合发布的配套试点文件，也都是将土地经营权上设定的担保物权定性为抵押权。至于农业经营主体以经营收益或股权等进行融资担保，则分属权利质权中的不同范畴，例如应收账款质权或股权质权，不由土地经营权担保融资所涵盖和体现。
修改后的农村土地承包法规定了土地经营权人的一系列义务，如不得改变土地所有权的性质和土地的农业用途，不得破坏农业综合生产能力和农业生态环境。同时规定“县级以上地方人民政府应当建立工商企业等社会资本通过流转取得土地经营权的资格审查、项目审核和风险防范制度”，明确建立工商企业等社会资本取得土地经营权的行政许可制度。工商企业等社会资本通过流转取得土地经营权应按面积实行分级备案，严格准入门槛，加强事中事后监管，防止浪费农地资源、损害农民土地权益，防止承包农户因受让方违约或经营不善遭受损失。定期对租赁土地的企业的农业经营能力、土地用途和风险防范能力等开展监督检查，查验土地利用、合同履行等情况，及时查处纠正违法违规行为，对符合要求的可给予政策扶持。这些措施的目的在于确保工商企业等社会资本介入农业时得到有效控制和监管。
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